年，权威杂志《新英格兰医学期刊》（NEJM）报道了一个脑膜炎病例，美国加州大学旧金山分校的研究人员使用二代测序（NGS）技术成功确诊并挽救了一位14岁患有联合免疫缺陷综合征少年的生命。据报道，该患者在长达4个月的时间内反复出现发热和头痛症状，住院3次。第3次住院时，患者一度陷入昏迷状态，医院使用各种诊疗手段都没有作用。最后医生通过脑脊液NGS技术，检测出了引起其脑炎的钩端螺旋体病菌，应用青霉素G治愈了该患者。根据该项目组华裔教授CharlesChiu介绍，这项研究将DNA测序技术、基因组数据库平台和计算分析工具融合在一起；对脑脊髓液和血液的测序分析仅用48小时，就成功锁定感染源；PCR和血清学测试也证实了这一结果。
脑膜炎属中枢神经系统感染疾病，有一百多种感染源。这些感染源大致上可分为四类：细菌、病毒、真菌和寄生虫，其中前两者最为常见。脑膜炎若不及时治疗，可能会导致婴幼儿出现脑瘫，或者智力严重下降，神志不清。因此需要及早发现，尽快治疗。目前通过腰椎穿刺抽取脑脊液，进行脑脊液病原体形态学鉴定、脑脊液培养、病原体抗体检测等是确诊必不可少的手段。但这些方法都有一定的局限性，其中脑脊液培养和病原体抗体检测的适用范围有限，对病毒而言尤为如此。曾有研究表明，仅1.9%的脑脊液病毒培养是阳性的，若不计肠道病毒和疱疹病毒感染，则不到0.1%。因此，更为快速、全面和精准的病原体诊断，成为我们与脑膜炎斗争的关键一环。
医院神经内科和华大基因紧密合作，迅速展开了相关研究。目前已发表2篇SCI文章，分别发表在JournalofNeuroVirology和JournalofClinicalNeurology期刊上。年，合作小组应用NGS对4例疑似病毒性脑炎患者的脑脊液进行了检测，2例检测出人疱疹病毒1型、1例检测出人疱疹病毒2型、1例检测出人类疱疹病毒3型，深度范围1.1%～35%，覆盖度范围12%～98%，唯一匹配度分别为99.55%、99.00%、99.57%、93.51%；同时对其中3例进行了PCR检测，验证了NGS的结果。年，合作小组应用NGS对培养阴性、临床疑似李斯特菌的3例脑膜炎患者的脑脊液进行了测序确诊，属国际上首次将NGS应用于李斯特菌的诊断。
华大基因现已推出病原微生物快速基因检测服务，它通过高通量测序技术，寻找患者体内的病原体核酸。该服务共计覆盖余种病原微生物的鉴别，包括细菌，病毒，支原体，衣原体，立克次氏体，螺旋体等，可用于脑脊液、血浆、肺泡灌洗液样本类型的病原检测；借助于大数据和云平台，可实现48小时之内提供检测报告。NGS技术病原快速检测，克服了传统诊断方法检出率低、敏感性低、检测种类有限、无法诊断未知病原体、检测周期长等缺点，使得无靶向的病原体广泛筛查成为可能。为那些没有典型临床症状，无法判断特定感染的疾病，提供了新的检测手段，成为我们抗击感染病的新型诊断武器。
参考文献：MichaelR.Wilson,etal.ActionablediagnosisofneuroleptosipirosisbyNext-GenerationSequencing.NEnglJMed.Jun19;(25):-17.
H.Z.Guan,etal.DetectionofvirusinCSFfromthecaseswithmeningoencephalitisbynext-generationsequencing.JNeurovirol.Apr;22(2):-5.
MYao,etal.DetectionofListeriamonocytogenesinCSFfromThreePatientswithMeningoencephalitisbyNext-GenerationSequencing.JClinNeurol;12:e32.
吕遐等。新一代测序在中枢神经系统感染病原体检测中的应用。中华神经科杂志。.
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